Os Grupos de pesquisa constituem parte essencial para o desenvolvimento das atividades científicas na EBMSP. Segundo o CNPq, um grupo de pesquisa é definido como um conjunto de pesquisadores, técnicos e estudantes, organizados em torno de uma ou mais linhas de pesquisa, cujo objetivo principal é o desenvolvimento de atividades de pesquisa científica.
Atualmente a Bahiana conta com diversos grupos de pesquisa certificados no Diretório de Grupos de Pesquisa do CNPq (DGP/CNPq). O Diretório dos Grupos de Pesquisa é uma base de dados que contém informações sobre os grupos de pesquisa em atividade no País, na qual as informações são atualizadas, continuamente, pelos líderes de grupos e dirigentes de pesquisa das instituições participantes, descrevendo com precisão um panorama dos limites e o perfil geral das atividades científico-tecnológicas no Brasil.
O cadastro de Grupos de Pesquisa da EBMSP no DGP/CNPq será efetuado pelo líder do grupo, que deve ser um docente da EBMSP cadastrado junto ao CNPq. A partir do cadastro do grupo no DGP/CNPq, o líder do grupo será responsável por manter atualizadas todas as informações referentes ao grupo, inclusive linhas de pesquisa, recursos humanos e relações com o setor produtivo.
